(一)綜合科。負責指導推動道路運輸領域網約車司機、貨車司機群體黨建工作；負責機關日常運轉工作；重要事項督查督辦，承擔機關文秘、會務、檔案、保密、政務公開、信息、值班、目標管理、節能減排、精神文明建設；負責干部人事、勞動工資、機構編制、人才引進、職業教育培訓工作；牽頭提案、議案和政策調研工作。

(二)規建科。負責交通運輸經濟運行監測，研究交通運輸業發展趨勢和重大問題，提供全區交通發展戰略和產業政策依據。起草全區綜合交通發展戰略，構建綜合交通運輸網絡。會同有關部門組織編制綜合交通運輸規劃、綜合交通建設規劃和公路水路交通中長期規劃、年度計劃和投資計劃。負責提出全區公路、水路固定資產投資規模和方向、財政性資金安排建議并監督實施。負責交通項目建設前期工作和后期評估工作，審批和核準交通固定資產投資項目。承擔交通行業建設統計上報及行業分析規劃。協調高速公路涉及地方交通規劃的相關工作。負責全區公路工程建設及市場監管工作，負責全區公路交通 基礎設施建設管理的政策、技術標準并監督實施，負責全區公路交通基礎設施項目工程設計、交(竣)工驗收等建設程序的行業管理，按規定對公路建設工程造價、質量安全進行監督管理，指導農村公路的建設工作。負責對施工單位、監理單位、實驗檢測機構及人員資質進行監督管理。推動交通行業科技進步，負責新技術、新工藝和新材料在交通行業的應用。指導公路、水路建設生態環境保護和節能減排。

(三)財務統計科。組織擬訂并監督執行交通行業有關資金和財務管理制度；指導全系統財務管理和會計核算工作；負責編 制并組織實施交通行業預決算工作；負責管理交通經費、專項資金計劃及安排交通行業資金撥付管理工作；負責外匯、信貸、稅收、利用外資等有關財務管理工作；指導交通行業投融資工作；負責機關和所屬單位的財務及資產監督管理工作；負責交通行業統計工作；負責交通行業非稅征收工作。

(四)養護科。負責全區公路養護及市場 監管工作。負責全區公路交通基礎設施養護的政策、行業信息化、技術標準的監督實施。按規定對公路養護工程造價、質量安全進行監督管理。負責全區養護項目工程設計、交(竣)工驗收等建 設程序的行業管理。負責管理、保護全區國省縣道公路路產路權。負責提出全區公路養護財政性資金安排建議并監督實施。組織對地方公路養護年度目標的檢查與考評。監督指導鄉、村道的養護和管理工作。協調高速公路涉及地方交通管理的相關工作。完成上級交辦的其他工作。

(五)法制審計科。負責宣傳和貫徹落實國家和地方法律、 法規、規章。負責交通行業的執法監督和執法隊伍建設，落實行政執法責任制；承擔交通行政復議及聽證、應訴工作；承擔社會治安綜合治理工作；負責行業改革與發展調查研究，并提出對策和建議；指導行業體制改革；負責處理人民群眾來信來訪事項、矛盾糾紛督查督辦信訪件、群體性問題、干部下訪群眾、重大事項的穩定風險評估工作；負責交通行業內審工作；擬定內審制度；負責本系統的財務收支及其有關經濟活動的審計監督，按權限組織、實施本系統政府性投資項目竣工決(結)算審計和開展所屬單位主要負責人任期經濟責任審計。

（六）安全運輸科。加掛“應急辦”、“國防交通辦”牌子。負責交通運輸行業發展統籌管理。負責交通行業安全生產監督、指導協調工作。協助有關部門處理所屬單位交 通事故的調查和安全事故的統計分析。牽頭交通行業環境保護工作。協調全區交通突發公共事件應急處置工作，指導全區交通行業應急體系建設。負責全區公路、水路和城市公交等綜合運輸市場監管。組織指導和協調公路、水路、城市公交等各種運輸方式的運營工作。組織編制和監督實施交通運輸發展規劃、運力和線 網布局規劃，參與擬訂物流業發展戰略和規劃。配合有關部門研究制定運輸價格和收費標準。指導道路和水路運輸經營資質管理、從業人員資質管理。指導機動車維修、客貨運站場、機動車駕駛員培訓的管理。協調郵政發展相關工作。負責國防交通辦相關工作。完成上級交辦的其他工作。

(七)行政審批科。負責交通行業行政審批事項的統一受理審批和批件、證書的發放工作；負責管理機關政務服務窗口、統籌交通行業運輸綜合信用體系建設；組織協調相關業務科室事項 的論證、審查等工作；組織推進機關行政審批服務便民化、標準化和相關電子政務工作；具體管理機關政務服務窗口。

（八）港航鐵路科，加掛“地方海事處”牌子。負責區內鐵路、民航相關工作。負責提出鐵路、民航發展規劃。協調推進鐵路、民航中央及市級項目建設。負責鐵路、民航地方項目建設。負責交通基礎設施建設涉及鐵路、民航的報批工作。協調其他涉及鐵路、民航的報批工作。協助做好鐵路涉及地方安保設施建設。負責港口和港航設施建設使用岸線的布局規劃。負責全區水路工程建設、養護市場監管。負責全區水路交通基礎設施養護的政策、技術標準并監督實施。按規定對水路工程造價、質量安全進行監督管理。負責全區水路交通基礎設施項目工程設計、交(竣)工驗收等建設程序的行業管理。貫徹執行水路工程建設、維護相關政策、制度和標準并監督實施。指導港口、航道等水路設施的維護及養護工作。承擔港口和航道管理、水上交通安全監管、地方海事行政管理有關工作。協調鐵路涉及地方交通管理的相關工作。監督實施地方性漁業船舶檢驗政策、制度及標準，負責漁業船舶檢驗監督管理和行業指導等工作。協調管理鐵路、民航運輸工作。完成上級交辦的其他工作。